Život mesta ovplyvnilo aj prenikanie Turkov do strednej Európy.Prejavilo sa to v prvom rade na zmene trás diaľkového obchodu zo smeru juh - sever na východ - západ a na orientácii na prímorské oblasti, ktorých význam vzrastal objavením nových svetadielov.
Opevnené Košice si vybrala za útočište bohatá šľachta, kupci i cirkevná hierarchia z celého Potisia, ktorá si tu začala vydobýjať právo na úkor domáceho obyvateľstva. Vyhladované soldatesky prepadávali transporty obchodníkov a porušovali výsady mesta. Vo všeobecnom chaose, ktorý nastal na prelome 16. a 17. storočia Hornom Uhorsku, nebolo možné nájsť miesta odvolania a spravodlivosti. Protihabsburské stavovské postavenie situáciu v Košiciach a ich okolí ešte zhoršilo. Vojska Štefana Bocskaya, Gabriela Bethlena i Juraja Rákócziho bezohľadne vykorisťovali mesto, ochromili obchod a nivočili hospodárstvo na predmestiach i na okolitých poddaných dedinkách.
Najvýraznejším prameňom pre poznanie úpadku mesta, najmä na poli hospodárskom, sú zachované daňové súpisy. Prezrádzajú, koľko domov bolo zničených, opustených, alebo pre zbedačenie majiteľov v dezolátnom stave. V súpise z roku 1686 sú uvádzaní na košických predmestiach len šiesti zdaniteľní majitelia domov.
Ďalší ničivý požiar zažili Košice aj v 17.storočí. Dňa 22.augusta 1674 vypukol v Mäsiarskej ulici oheň, ktorý v priebehu štyroch hodín zničil 250 domov. Jeho účinky boli tým katastrofálnejšie, že oheň zachvátil strechu skladu pušného prachu, kde bolo uskladnených 150 ton pušného prachu a iného streliva. Výbuchom skladu bol zničený sklad potravín v dominikánskom kostole, kde bolo tisíc meríc obilia a veľké zásoby iných potravín.
Košické predmestia podľahli útokom aj za povstania Františka Rákócziho. Ulice na huštákoch boli tak zdecimované, že mestská rada bola nútená spojiť niekoľko ulíc do spoločných správnych obvodov, čím vznikol Vyšný, Stredný a Nižný hušták. So striedavým šťastím vojnuvedúcich strán prechádzalo mesto raz do rúk povstaleckých kurucov, raz do rúk cisárskych labancov. Kým uhorské povstalecké kniežatá podporovali v meste reformáciu, rakúsky monarchovia podporovali protireformačné katolícke rehole.
Hospodárska úroveň mesta zabezpečovala priaznivé podmienky aj pre rozvoj kultúrneho života a umení všetkých druhov. Už samotná okolnosť, že v Košiciach bola vybudovaná jedna z najvzácnejších gotických stavieb - Dóm sv. Alžbety, vybavený kedysi umelecky rovnako hodnotným interiérom, svedčí nielen o bohatstve Košičanov, ale aj o vysokej úrovni ich estetického vkusu. Základom všetkého kultúrneho života bolo samozrejme vyspelé školstvo. Prvá škola existovala pri dominikánskom kláštore už koncom 13.storočia. Vybavená bola vzácnou knižnicou, ktorej časť je uložená podnes na miestnom pracovisku Matice Slovenskej v Jasove a má 4850 knižných jednotiek. Táto škola tu pôsobila až do roku 1556, keď kláštor vyhorel a pre nedostatok finančných prostriedkov na jeho obnovu ho dominikáni opustili. Prvú mestskú školu spomínajú pramene až po roku 1394. Mestská škola pripravovala dorast najmä pre prekvitajúci obchod. Písomné pramene z roku 1514 ju nazývajú gymnáziom.
Koncom 16. a začiatkom 17. storočia pôsobili v Košiciach významný vzdelanci a pedagógovia aj zo zahraničia - humanistický básnik Ján Bocatius, Angličan Leonard Cox, pozdejší vychovávateľ anglického kráľa Henricha III., Ján Tesák Mošovský, renesančný básnik a dramatik a mnohí iní. Košické školy boli prvými strediskami kultúrneho života v meste. Tu sa hrávali divadla, tu sa predvádzali hudobné produkcie a v učebniach mestskej školy sa konali prvé verejné dišputy na najrozličnejšie témy. Z dramaticky predvádzaných príbehov zo Života Krista v kostole sa vyvinuli mystéria s náboženským obsahom. Pozdejšie, v súvislosti s celkovým procesom laicizácie kultúry, to boli dramatické hry so svetským obsahom, ktoré sa hrávali už v škole. Zápis v účtovnej knihe mesta z roku 1557 dokladá, že rektor školy dostal za komédiu hranú v škole na Hromnice dve zlatky. Pre vývoj dramatickej tvorby na Slovensku má význam český písaná biblická dráma „Ruth" od košického rektora Jána Tesáka Mošovského (1545-1617). Tento autor ako prvý uvádzal na scénu postavy z ľudu a propagoval vo svojich drámach úlohy o sociálnych rozdieloch vtedajšej spoločnosti.
Keďže Košice obchodovali aj so širokým zahraničím, bohatí mešťania posielali svojich synov na štúdia do zahraničia. Z Košíc študovali študenti najme v Krakove a vo Viedni. V Krakove študovalo v prvej polovici 15.storočia zo 120 študentov zo Slovenska najviac z Košíc - 15. V druhej polovici 15.storočia zo 400 študentov zo Slovenska bolo až 54 z Košíc. Na Viedenskej univerzite študovalo z Košíc v rokoch 1377-1450 32 študentov a v rokoch 1451-1530 osem študentov, čím aj na tejto vysokej škole sa Košice podľa počtu poslucháčov zaraďovali na štvrté miesto.
O vysokej kultúrnej úrovni obyvateľov mesta svedčí ďalej okolnosť, že do mestskej rady a za richtára volili mešťanov nielen podľa honosnosti fasády ich domu na Hlavnej ulici alebo podľa bohatstva ich viníc, ale aj s ohľadom na ich kultúrnu úroveň a vzdelanosť. Tak napr. začiatkom 17.storočia zvolili za richtára učeného humanistu a učiteľa Jána Bocatia. Tento humanisticky erudovaný básnik písal nielen dedikačné, oslavné a gratulačné básne, ale aj diela satirická a moralistické.
Jediným pozitívnym dôsledkom náboženského antagonizmu v Košiciach a vpádu Turkov na Dolnú zem v 17.storočí bolo založenie Košickej univerzity roku 1657. Plán Petra Pázmanya realizoval Benedikt Kišdy, ktorý poskytol aj potrebnú finančnú fundáciu. Zlatou bulou Leopolda I. z roku 1660 bola univerzita potvrdená aj cisárom a v roku 1661 sa v Košiciach konali prvé promócie absolventov. Prednášalo sa na troch fakultách - fakulty jazykov, na fakulte filozofickej a technickej. Počet poslucháčov sa pohyboval okolo 400-500. Univerzita mala za úlohu, podľa zakladacej listiny B. Kišdyho, „V službách protireformácie pripravovať mládež vedecky i vojensky zvíťaziť nad hroziacim mohamedánskym nebezpečím." Na univerzite študovali okrem šľachtických synov i príslušníci chudobnejších vrstiev všetkých národnosti žijúcich na východnom Slovensku. Medzi najvýznamnejších absolventov patrí medzi inými zakladateľ a prvý rektor petrohradskej (leningradskej) univerzity Michal Baluďanský.
Do služieb univerzity bola zapojená aj košická jezuitská kníhtlačiareň. Časť jej zariadenia zakúpili po zlikvidovaní tlačiarne v Bardejove začiatkom 18.storočia. V tlačiarni sa tlačili učebnice pre školu, práce profesorov, aktuálne vedecké diela, ako napr. Komenského „Janua linguarum reserata", ale aj Košický kalendár v reči latinskej, nemeckej, maďarskej a slovenskej.
Pre národné dejiny Slovákov i pre vývoj slovenského jazyka mala veľký význam gramatika latinského a slovenského jazyka „Libellus alphabeticus seu rudimenta latinae ac slavonicae linguae".
